W treningu funkcjonalnym unika się ćwiczeń izolujących pracę poszczególnych mięśni i stawów. Zamiast powtórzeń pojedynczych ruchów stosuje się tzw. łańcuchy kinetyczne, czyli wielostawowe ruchy wykonywane we wszystkich trzech płaszczyznach, angażujące różne partie ciała. W treningu funkcjonalnym wykorzystuje się wolne ciężary, przyrządy pomagające imitować naturalne wzorce ruchowe (np. skrzynie, liny, worki, piłki lekarskie, kettle) oraz przyrządy wymagające stabilizacyjnej pracy mięśni (np. bosu). Trenuje się w seriach trwających od 45 do 90 sekund. W jednej serii wykonuje się jedno ćwiczenie. Tempo ćwiczeń i obciążenia zależą od stopnia zaawansowania ćwiczącego.